Langsung ke konten utama

SWAB-PCR UNTUK MENDETEKSI COVID-19

Swab test merupakan salah satu test yang digunakan untuk mendeteksi virus Covid-19. Swab test disebut juga dengan test PCR ( Polymerase Chain Reaction). Seperti yang dikutip dari primayahospital.com, PCR yaitu metode pemeriksaan virus SARS Co-2 dengan mendeteksi DNA virus. Swab dan PCR tak terpisahkan dalam metode tes untuk menegakkan diagnosis Covid-19.

Pendekatan molekuler untuk analisis asam nukleat mengunakan reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) merupakan metode deteksi standar dengan hasil yang cepat dan reprodusibel, karena bisa mentargetkan dan mengidentifikasi patogen secara spesifik. Pengembangan teknik molekuler ini tidak terlepas dari hasil identifikasi genomik dan proteomik dari SARS-CoV-2. Sampai dengan 30 Agustus 2020, sudah sekitar 92.776 genom virus SARS-CoV-2 yang telah teridentifikasi menggunakan teknologi sekuensing genom baik dengan teknologi Illumina maupun Oxford Nanopore yang hasilnya dapat diakses oleh umum (GISAID, 2020). Sekuens genom ini sangat penting dalam pembuatan primer untuk analisis PCR atau metode analisis asam nukleat yang lainnya.



Gambar contoh alur kerja uji sampel pasien untuk diagnosis COVID-19 dengan metode RT-PCR (Udugama et al., 2020).

Secara umum, alur kerja untuk uji tes virus Korona dari mulai pengambilan sampel pasien sampai dengan analisis adalah sebagai berikut (Gambar 2):

1.     Pengambilan spesimen dengan melakukan uji usap (swab test) dari area saluran pernafasan untuk mendapatkan sampel virus:

a.     Bagian atas (lebih dianjurkan): uji usap nasofaring, uji usap osofaring, atau sedot hidung (aspirasi nasal)

b.     Bagian bawah (dianjurkan untuk pasien dengan gejala batuk berdahak): dahak, aspirasi trakea atau lebih dalam lagi dengan mengambil cairan Bronchoalveolar lavage (BAL) (Udugama et al., 2020).

2.     Transportasi sampel.

            Spesimen yang diambil dari pasien biasanya ditambahkan viral transfer media (VTM).

3.     Pengujian sampel dengan metode RT-PCR.

Metode untuk pengujian asam nukleat ini secara umum terbagi menjadi 2 tahapan, yaitu proses transkripsi balik (reverse transcription) dari RNA menjadi DNA komplemen (cDNA), yang dilanjutkan dengan tahap amplifikasi cDNA dengan metode PCR.

Secara umum, area dari genom SARS-CoV-2 yang menjadi target amplifikasi adalah gen protein E (Envelope), gen protein N (Nucleocapsid) dan gen RdRP (RNA-dependent RNA polymerase gene) yang terdapat pada area open reading frame ORF1ab (Udugama et al., 2020).

Saat ini terdapat beberapa metode RT-PCR yang telah digunakan untuk uji SARS-CoV-2, diantaranya Center for Disease Control and Prevention (CDC) Amerika Serikat, Charité Germany, Institut Pasteur Paris, Chinese National Institute for Viral Disease Control and Prevention, University of Hong Kong, BGI Group (Beijing), Altona Diagnostics (Hamburg, Jerman), Agency for Science, Technology and Research (A*STAR) dan MiRXES (Singapura), dan TIB Molbiol (Berlin, Jerman)

4. Sekuensing apabila diperlukan untuk konfirmasi hasil dari RT-PCR (Wardiana 2020).

Peran diagnostik dalam pandemiK covid ini sangat penting dalam mengontrol penyebaran covid-19. Sampai saat ini metode Swab-PCR merupakan metode yang paling akurat untuk mendeteksi covid-19. Test PCR ini juga memastikan hasil dari Rapid Test. Sehingga, melakukan SWAB-PCR test sangatlah penting untuk memastikan seseorang terinfeksi virus covid-19 atau tidak.

Referensi:

GISAID. https://www.gisaid.org/. Diakses pada 30 Agustus 2020

Primayahospital.com. Apa Itu Rapid Test, Swab, dan PCR, apakah tahu Perbedaannya? . diakses pada 30 Agustus 2020, dari: https://primayahospital.com/covid-19/apa-itu-rapid-test/

Udugama B, Kadhiresan P, Kozlowski HN, Malekjahani A, Osborne M, Li VYC, Chen H, Mubareka S, Gubbay JB, dan Chan WCW. (2020): Diagnosing COVID-19: The Disease and Tools for Detection. ACS Nano.

Wardiana, A. (2020). "Diagnosis SARS-CoV-2: Peran Sistem Deteksi dan Ragam Metode Uji Dalam Menanggulangi Pandemi COVID-19." Biotrends 11(1): 21-29.

            

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Sabun Cuci Piring Charcoal (Arang)

Produk pencuci piring  yang berfungsi untuk membersihkan peralatan  makan dan peralatan  dapur  terbagi menjadi tiga jenis berdasarkan kenampakan fisik yaitu (1) berbentuk bubuk atau serbuk, (2) bentuk pasta, dan (3) bentuk cairan. Produk dalam bentuk bubuk agak kurang dikenal, produk kedua berbentuk pasta biasa dikenal dengan sabun colek. Sementara itu, produk ketiga sering banyak dipakai. Adanya bentuk pencuci piring berupa cairan menjadikan lebih praktis untuk digunakan menjadikan pencuci piring berbentuk cairan mempunyai nilai lebih dibanding produk pencuci piring lain [1]. Beberapa kendala ibu-ibu rumah tangga pada saat membersihkan peralatan makan maupun peralatan dapur adalah timbulnya bau amis membandel yang menempel di peralatan meskipun sudah dicuci. Selain itu juga sisa lemak membandel yang sulit untuk dibersihkan. Hal lain yang juga membuat ibu-ibu malas untuk mencuci peralatan dapur dan makan adalah bahwa sabun pencuci yang digunakan dapat merusak kul...
Posting Komentar
Baca selengkapnya

BERBAGAI JENIS SAJIAN MINUMAN KOPI

Salah satu minuman yang terkenal di dunia adalah kopi. Sebelum dapat dinikmati dengan diseduh, biji kopi harus disangrai terlebih dahulu dan diolah menjadi bubuk halus hingga kemudian dapat dinikmati sebagai minuman. Buah kopi memiliki nilai komersil, ada sekitar 25 macam kopi yang terkenal dalam bidang ini, namun masyarakat di dunia paling mengenal kopi dengan 4 macam secara umum yaitu kopi arabika, robusta, liberika, dan ekselsa. Kopi robusta dan arabika terkenal memiliki nilai yang ekonomis serta diperjualbelikan secara komersil. Sedangkan untuk kopi liberika dan ekselsa tidak demikian (Rahardjo 2017) . Masing – masing jenis kopi tersebut memiliki cara sendiri untuk diolah dan disajikan. Meskipun berbahan dasar yang sama, namun cara kopi diolah dengan teknik yang berbeda akan memberikan rasa yang khas pada setiap kopi dengan cara pengolahan yang berbeda (Sasamecoffee.com, 2020). Kebanyakan coffee shop memiliki mesin espresso sebagai senjata utama untuk membuat kopi. Berikut me...
Posting Komentar
Baca selengkapnya

POTENSI SAMPAH PLASTIK

Sampah adalah sisa pakai dari kemanfaatan yang digunakan oleh kebutuhan manusia. Seringkali masyarakat menganggap sampah tidak memiliki manfaat, tidak bernilai dan juga merusak keindahan lingkungan (Mohamad Satori, Reni Amarani, Dewi Shofi, 2010). Kegiatan pembuangan sampah tidak memiliki akhir yang pasti, sehingga sampah memerlukan penanganan dan pengelolaan yang sistematis dan konkrit (Lilis Sulistyorini, 2005). Ini dikarenakan sampah seringkali menimbulkan dampak berupa permasalahan yang sangat mempengaruhi kesehatan, lingkungan dan juga kehidupan sosial masyarakat. Masalah yang paling sering disebabkan oleh sampah salah satunya adalah bencana banjir yang disetiap tahunnya menjadi permasalahan wilayah perkotaan. Sehingga, saat ini penanganan yang  tepat dan strategis terhadap pengelolaan sampah khususnya sampah plastik sangat diperlukan (Hayat and Zayadi 2018) . Cara mudah, aman dan tepat untuk mengatasi masalah sampah yaitu kurangi ( reduce ), gunakan kembali ( reuse ), dan...
Posting Komentar
Baca selengkapnya