Langsung ke konten utama

SWAB-PCR UNTUK MENDETEKSI COVID-19

Swab test merupakan salah satu test yang digunakan untuk mendeteksi virus Covid-19. Swab test disebut juga dengan test PCR ( Polymerase Chain Reaction). Seperti yang dikutip dari primayahospital.com, PCR yaitu metode pemeriksaan virus SARS Co-2 dengan mendeteksi DNA virus. Swab dan PCR tak terpisahkan dalam metode tes untuk menegakkan diagnosis Covid-19.

Pendekatan molekuler untuk analisis asam nukleat mengunakan reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) merupakan metode deteksi standar dengan hasil yang cepat dan reprodusibel, karena bisa mentargetkan dan mengidentifikasi patogen secara spesifik. Pengembangan teknik molekuler ini tidak terlepas dari hasil identifikasi genomik dan proteomik dari SARS-CoV-2. Sampai dengan 30 Agustus 2020, sudah sekitar 92.776 genom virus SARS-CoV-2 yang telah teridentifikasi menggunakan teknologi sekuensing genom baik dengan teknologi Illumina maupun Oxford Nanopore yang hasilnya dapat diakses oleh umum (GISAID, 2020). Sekuens genom ini sangat penting dalam pembuatan primer untuk analisis PCR atau metode analisis asam nukleat yang lainnya.



Gambar contoh alur kerja uji sampel pasien untuk diagnosis COVID-19 dengan metode RT-PCR (Udugama et al., 2020).

Secara umum, alur kerja untuk uji tes virus Korona dari mulai pengambilan sampel pasien sampai dengan analisis adalah sebagai berikut (Gambar 2):

1.     Pengambilan spesimen dengan melakukan uji usap (swab test) dari area saluran pernafasan untuk mendapatkan sampel virus:

a.     Bagian atas (lebih dianjurkan): uji usap nasofaring, uji usap osofaring, atau sedot hidung (aspirasi nasal)

b.     Bagian bawah (dianjurkan untuk pasien dengan gejala batuk berdahak): dahak, aspirasi trakea atau lebih dalam lagi dengan mengambil cairan Bronchoalveolar lavage (BAL) (Udugama et al., 2020).

2.     Transportasi sampel.

            Spesimen yang diambil dari pasien biasanya ditambahkan viral transfer media (VTM).

3.     Pengujian sampel dengan metode RT-PCR.

Metode untuk pengujian asam nukleat ini secara umum terbagi menjadi 2 tahapan, yaitu proses transkripsi balik (reverse transcription) dari RNA menjadi DNA komplemen (cDNA), yang dilanjutkan dengan tahap amplifikasi cDNA dengan metode PCR.

Secara umum, area dari genom SARS-CoV-2 yang menjadi target amplifikasi adalah gen protein E (Envelope), gen protein N (Nucleocapsid) dan gen RdRP (RNA-dependent RNA polymerase gene) yang terdapat pada area open reading frame ORF1ab (Udugama et al., 2020).

Saat ini terdapat beberapa metode RT-PCR yang telah digunakan untuk uji SARS-CoV-2, diantaranya Center for Disease Control and Prevention (CDC) Amerika Serikat, Charité Germany, Institut Pasteur Paris, Chinese National Institute for Viral Disease Control and Prevention, University of Hong Kong, BGI Group (Beijing), Altona Diagnostics (Hamburg, Jerman), Agency for Science, Technology and Research (A*STAR) dan MiRXES (Singapura), dan TIB Molbiol (Berlin, Jerman)

4. Sekuensing apabila diperlukan untuk konfirmasi hasil dari RT-PCR (Wardiana 2020).

Peran diagnostik dalam pandemiK covid ini sangat penting dalam mengontrol penyebaran covid-19. Sampai saat ini metode Swab-PCR merupakan metode yang paling akurat untuk mendeteksi covid-19. Test PCR ini juga memastikan hasil dari Rapid Test. Sehingga, melakukan SWAB-PCR test sangatlah penting untuk memastikan seseorang terinfeksi virus covid-19 atau tidak.

Referensi:

GISAID. https://www.gisaid.org/. Diakses pada 30 Agustus 2020

Primayahospital.com. Apa Itu Rapid Test, Swab, dan PCR, apakah tahu Perbedaannya? . diakses pada 30 Agustus 2020, dari: https://primayahospital.com/covid-19/apa-itu-rapid-test/

Udugama B, Kadhiresan P, Kozlowski HN, Malekjahani A, Osborne M, Li VYC, Chen H, Mubareka S, Gubbay JB, dan Chan WCW. (2020): Diagnosing COVID-19: The Disease and Tools for Detection. ACS Nano.

Wardiana, A. (2020). "Diagnosis SARS-CoV-2: Peran Sistem Deteksi dan Ragam Metode Uji Dalam Menanggulangi Pandemi COVID-19." Biotrends 11(1): 21-29.

            

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

SAINS DIBALIK NIKMATNYA MINUMAN VIRAL DALGONA COFFEE

Sejak adanya pandemic covid-19, sebagian besar orang harus work from home dan anak-anak harus learn from home. Mulanya tentu saja terasa menyenangkan bagi sebagian orang karena tidak perlu ke kantor dan bisa bercengkerama dengan keluarga. Namun, lama-lama kondisi ini menimbulkan rasa kebosanan yang amat sangat karena tidak bisa kemana-mana dan yang dikerjakan itu-itu saja. Akibatnya, mereka berani mencoba sesuatu yang baru untuk meredakan rasa bosan tersebut. Ingatkan viralnya “dalgona coffee?”. Nah, itu salah satu kreatifitas yang muncul di tengah kebosanan ini. Tapi, tahu ga sains dibalik minuman yang lagi viral itu? Mengapa kopi bisa menimbulkan busa? Mengapa tidak semua kopi bisa digunakan? Mengapa dengan penambahan gula, busa kopi lebih tahan lama? Bisakah gula diganti dengan zat lain untuk menstabilkan busa? Dalgona coffee pertama kali dikenal di Korea Selatan berupa permen dalgona dengan nama ppopgi . [1] Komposisi dalgona coffee berupa 3 komponen utama meliputi kopi instan, gu...
2 komentar
Baca selengkapnya

Fakta dan Khasiat Mengkudu Penangkal Covid-19

Mengkudu ( M. citrifolia ) merupakan tanaman yang sudah tidak asing lagi bagi masyarakat Indonesia. Mengkudu sendiri, sering digunakan sebagai obat tradisional oleh masyarakat Indonesia. Djauhariya and Rahardjo (2018) mengungkapkan bahwa dalam pengobatan tradisional, mengkudu digunakan untuk obat batuk, radang amandel, sariawan, tekanan darah tinggi, beri-beri, melancarkan kencing, radang ginjal, radang empedu, radang usus, sembelit, limpa, lever, kencing manis, cacingan, cacar air, sakit pinggang, sakit perut, masuk angin, dan kegemukan (Wijayakusuma, Dalimartha et al. 1992) . Hasil penelitian akhir-akhir ini mengungkapkan bahwa mengkudu dapat digunakan sebagai obat tumor dan kanker. Adanya aktivitas anti tumor dengan model LLC (Lewis lung carcinoma) buah mengkudu, disebabkan oleh adanya aktivitas sistem imun hospes (Hirazumi and Furusawa 1999) . Dilaporkan pula oleh Ediati dkk. (2004), bahwa jus mengkudu (kadar 0,625%) dapat meningkatkan proliferasi sel limfosit, tetapi tidak mening...
Posting Komentar
Baca selengkapnya

BERBAGAI JENIS SAJIAN MINUMAN KOPI

Salah satu minuman yang terkenal di dunia adalah kopi. Sebelum dapat dinikmati dengan diseduh, biji kopi harus disangrai terlebih dahulu dan diolah menjadi bubuk halus hingga kemudian dapat dinikmati sebagai minuman. Buah kopi memiliki nilai komersil, ada sekitar 25 macam kopi yang terkenal dalam bidang ini, namun masyarakat di dunia paling mengenal kopi dengan 4 macam secara umum yaitu kopi arabika, robusta, liberika, dan ekselsa. Kopi robusta dan arabika terkenal memiliki nilai yang ekonomis serta diperjualbelikan secara komersil. Sedangkan untuk kopi liberika dan ekselsa tidak demikian (Rahardjo 2017) . Masing – masing jenis kopi tersebut memiliki cara sendiri untuk diolah dan disajikan. Meskipun berbahan dasar yang sama, namun cara kopi diolah dengan teknik yang berbeda akan memberikan rasa yang khas pada setiap kopi dengan cara pengolahan yang berbeda (Sasamecoffee.com, 2020). Kebanyakan coffee shop memiliki mesin espresso sebagai senjata utama untuk membuat kopi. Berikut me...
Posting Komentar
Baca selengkapnya